מחלקת בתי הספר באגף החינוך אחראית על ליווי הנהלות בתי הספר (יסודיים, חטיבה ותיכונים) בשיתוף גורמי הפיקוח במשרד החינוך.

כמו כן אמונה המחלקה על רישום ושיבוץ למוסדות חינוך, דיון בבקשות מעבר, ריכוז ותקצוב תכניות חברתיות ערכיות כלל-יישוביות, תכנית מעברים, אישור תכניות הגפ"ן של בתי הספר ועוד.