היחידה אחראית לתשלומים, התאמות בנקים, תשלומי שכר, הכנת דו"חות כספיים רבעוניים ושנתיים, דו"חות שכר למשרד האוצר, והכנת דו"חות כספיים אחרים כגון: קרן לעבודות פיתוח ואגרות שמירה.